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为什么进行转录组测序服务?

2018-07-19 10:52:37 来源:

转录组transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA核糖体RNA转运RNA非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述,转录组成为研究基因表达的主要手段,转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。
      在NGS技术出现之前,转录组的研究主要有实时荧光PCR技术、基因芯片技术、EST表达序列标签技术,具体如下所述:

Real-Time qRT-PCR通过对经典PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测,我们可以实现对其实模板的定量分析。通过正确设定引物(primer)和探针(probe,qRT-PCR技术可以很大范围内定量的检测目标转录本的拷贝数,也即表达水平。因此长被作为转录组分析中的金标准(Gold Standard.qRT-PCR只能测定一个转录本的表达水平,同时也需要知道待检测转录本的序列,难以用来发现未知的转录本。

Microarray在高通量测序之前是主要的高通量转录本表达分析技术。微阵列(microarray),也称基因芯片(gene chip,通过将几十万个不等的探针(probe)分子固定在约1cm见方的固体片基上制成的。利用核苷酸分子在形成双链时碱基互补配对原理,microarray可以一次性检测出样本中所有与探针互补的核苷酸片段,从而快速得到样本中基因的表达谱(expression profile,因此,microarray从上世纪90年代问世以来,在生物,医学,农学等领域快速获得了广泛应用。与qRT-PCR相比,micoarray虽然在通量上有了显著的提高,但仍然需要实现确定待测转录本的序列。

EST(表达序列标签)技术通过对一个随机选择的cDNA克农进行单次测序来获得cDNA的部分序列。与microarray不同,EST是基于测序的,并不需要事先知道待检测转录本的序列。可以被用来发现新的转录本。早在1991年,当时还在NIHCraig Venter等就开始利用EST来寻找人类的新基因。然而,由于当时测序技术通量的限制,一次EST通常只能得到几千个转录本的序列,远远无法进行全转录本水平的profiling.

与传统的Real-Time qRT-PCR、基因芯片(gene chip)和EST(表达序列标签)技术相比,RNA-seq深度测序技术使得研究人员首次可以,在全转录组水平利用测序技术同时进行定量与定性的分析,主要包括以下几个方面:

1. 获得物种或者组织的转录本信息;

2. 得到转录本上基因的相关信息,如:基因结构,功能等;

3. 发现新的基因;

4. 基因结构优化;

5. 发现可变剪切

6. 发现基因融合

7. 基因表达差异分析。
    当前广州研科生物科技有限公司在转录组学所涉及的产品主要有mRNA测序分析、smallRNA测序分析、cirRNA测序分析、LncRNA测序分析及多组学联合分析。



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