简化基因组分析
简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)是利用一些标记信息，筛选出具有标记位点，然后对特定区段进行测序的一种测序技术，包括RAD（Restriction site Associated），GBS（Genotyping by Sequencing）以及衍生出的技术（Double Digest RAD，Double Digest GBS等）。简化基因组可以应用到各样的分析，群体遗传进化分析，GWAS分析，遗传图谱构建，分子育种等。相对于全基因组测序的来说，简化基因组测序具有价格低，分析快捷，不受参考基因组的限制等特点。
样本以及测序要求
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类型 |
RAD 测序 |
GBS 测序 |
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DNA量 |
1ug |
300ng |
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酶切方法 |
限制性单切酶/双切酶 |
限制性酶 |
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测序量 |
>=10万tag |
>=10万tag |
分析内容
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类型 |
RAD测序 |
GBS测序 |
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参考基因组 |
有参/无参 |
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群体分析 |
1. 群体结构：进化树，pca，structure；
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GWAS分析 |
确定关联区域以及候选基因注释 |
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项目周期
群体分析： 30天；GWAS分析：20天
