ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，染色质易开放区域测序）是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法，利用DNA转座酶结合高通量测序技术，来研究染色体的可进入性。ATAC-seq的原理是，染色质易开放区域测序）利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域，并加上测序引物进行高通量测序，通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置，从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质，可以在DNA水平研究基因转录调控。

        传统的寻找全基因组范围内开放的染色质区域采用的方式包括ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq，FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution（10x scATAC-seq）是10x Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建，不仅能清晰了解染色质结构，还可以绘制高分辨率转录因子调控网络，为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。

 分析内容：

 

标准信息分析

1.  数据分析与质控 2.  比对分析：测序饱和度分析、插入片段长度分布 3.  Peak分析：peak信息统计、TSS周围信号分布、peak区域片段分布统计 3. 单细胞亚群分类（降维、聚类、可视化） 4. Peak注释：peak基因注释、GO/KEGG功能富集分析 5. TF motif分析 6. 亚群易接近性差异分析

 

项目周期：

              25个自然日