为什么进行转录组测序服务?
转录组
(
transcriptome
)广义上指某一生理条件下,细胞内所有
转录
产物的集合,包括
信使
RNA
、
核糖体
RNA
、
转运
RNA
及
非编码
RNA
;狭义上指所有
mRNA
的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,
蛋白质组
是细胞功能和状态的最直接描述,转录组成为研究
基因表达
的主要手段,转录组是连接
基因组
遗传信息
与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。
在NGS技术出现之前,转录组的研究主要有实时荧光PCR技术、基因芯片技术、EST表达序列标签技术,具体如下所述:
Real-Time qRT-PCR 通过对经典 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测,我们可以实现对其实模板的定量分析。通过正确设定引物( primer )和探针( probe ) ,qRT-PCR 技术可以很大范围内定量的检测目标转录本的拷贝数,也即表达水平。因此长被作为转录组分析中的金标准( Gold Standard ) .qRT-PCR 只能测定一个转录本的表达水平,同时也需要知道待检测转录本的序列,难以用来发现未知的转录本。
Microarray 在高通量测序之前是主要的高通量转录本表达分析技术。微阵列( microarray ),也称基因芯片( gene chip ) , 通过将几十万个不等的探针( probe )分子固定在约 1cm 见方的固体片基上制成的。利用核苷酸分子在形成双链时碱基互补配对原理, microarray 可以一次性检测出样本中所有与探针互补的核苷酸片段,从而快速得到样本中基因的表达谱( expression profile ) , 因此, microarray 从上世纪 90 年代问世以来,在生物,医学,农学等领域快速获得了广泛应用。与 qRT-PCR 相比, micoarray 虽然在通量上有了显著的提高,但仍然需要实现确定待测转录本的序列。
EST( 表达序列标签 ) 技术通过对一个随机选择的 cDNA 克农进行单次测序来获得 cDNA 的部分序列。与 microarray 不同, EST 是基于测序的,并不需要事先知道待检测转录本的序列。可以被用来发现新的转录本。早在 1991 年,当时还在 NIH 的 Craig Venter 等就开始利用 EST 来寻找人类的新基因。然而,由于当时测序技术通量的限制,一次 EST 通常只能得到几千个转录本的序列,远远无法进行全转录本水平的 profiling.
与传统的 Real-Time qRT-PCR 、基因芯片( gene chip )和 EST( 表达序列标签 ) 技术相比, RNA-seq 深度测序技术使得研究人员首次可以,在全转录组水平利用测序技术同时进行定量与定性的分析,主要包括以下几个方面:
1. 获得物种或者组织的 转录本 信息;
2. 得到转录本上基因的相关信息,如: 基因结构 ,功能等;
3. 发现新的基因;
4. 基因结构优化;
5. 发现 可变剪切 ;
6. 发现 基因融合 ;
7.
基因表达
差异分析。
当前广州研科生物科技有限公司在转录组学所涉及的产品主要有
mRNA
测序分析、
smallRNA
测序分析、
cirRNA
测序分析、
LncRNA
测序分析及多组学联合分析。
- 上一条 为什么进行蛋白组测序服务?
- 下一条 为什么进行基因组测序服务?