10x空间转录组
细胞的转录信息、空间位置信息、形态学信息、生理学信息，对理解细胞功能至关重要。空间转录组技术实现在组织环境中将基因表达情况可视化。
空间转录组测序是利用 10X Genomics Visium平台，结合显微成像、芯片、测序技术，从一片完整的冰冻组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据，并将组织学和基因表达分析相结合，通过特有数据分析方法进行基因表达和形态学数据的可视化。主要应用于： 组织原位表达图谱构建、空间异质性分析、肿瘤微环境研究、疾病病理进程研究、发育生物学。
分析内容：
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空间转录组 |
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1. 测序数据统计与 质控 ：测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、数据比对（组织覆盖区域检测、reads基因组比对率等）、基因表达定量 |
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2. spot聚类分群及数据可视化：spot聚类分群、分类结果可视化（组织映射图，tSNE图） |
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3. 亚群特征基因分析：亚群上调基因筛选、亚群上调基因功能富集分析、亚群特征基因筛选、亚群特征基因分布特征可视化 与 蛋白质互作网络图 |
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4. 空间特征基因分析：空间差异基因筛选 与 功能富集分析、空间特征基因筛选 和 可视化、空间特征基因蛋白质互作网络图 |
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5. 各类定制化的高级信息分析 |
项目周期：
40个自然日
