全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和，包含mRNA，small RNA，lncRNA，circRNA等编码和非编码RNA。
全转录组分析内容更全面，除4种RNA标准分析，还包括以下7种联合分析：

一、 lncRNA 与 mRNA 关联分析

LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因（mRNA）的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析，我们通过对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析，当lncRNA的靶基因同时也是显著差异的mRNA时，该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。

二、 lncRNA 与 miRNA 关联分析

lncRNA可以作为miRNA的前体分子

三、 miRNA 与 mRNA 关联分析

四、 circRNA 与 mRNA 关联分析

转录形成circRNA的基因（circRNA的来源基因）通常也可以转录形成线性mRNA，circRNA表达水平变化可能会影响其来源基因mRNA的表达水平变化，对circRNA与其来源基因mRNA表达水平相关性分析，对研究mRNA表达水平调控机制具有重要意义。

五、 circRNA 和 miRNA 关联分析

circRNA可以通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能（Thomas B. Hansen et al., 2013）。对差异表达的circRNA与测得的miRNA进行靶向关系分析，有助于进一步研究circRNA的功能。

六、 lncRNA 、 miRNA 与 mRNA 的调控网络

lncRNA具有广泛的调控作用，不仅能够直接调控DNA的结构、RNA的转录和翻译，而且具有miRNA结合位点，可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA，抑制miRNA对靶基因的调节作用，从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论，寻找拥有相同miRNA结合位点的lncRNA-gene pairs，构建以lncRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的lncRNA–miRNA-gene pairs，构建ceRNA调控网络。在全转录组层面，通过ceRNA调控网络，揭示ncRNA调控基因表达的机制。

七、 circRNA 、 miRNA 与 mRNA 的调控网络

circRNA具有miRNA结合位点，可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调节作用，从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论，寻找拥有相同miRNA结合位点的circRNA-gene pairs，构建以circRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的circRNA-miRNA-gene pairs，构建ceRNA调控网络。在全转录组层面，利用ceRNA调控网络，揭示ncRNA调控基因表达新机制。