10x空间转录组
细胞的转录信息、空间位置信息、形态学信息、生理学信息,对理解细胞功能至关重要。空间转录组技术实现在组织环境中将基因表达情况可视化。
空间转录组测序是利用 10X Genomics Visium平台,结合显微成像、芯片、测序技术,从一片完整的冰冻组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据,并将组织学和基因表达分析相结合,通过特有数据分析方法进行基因表达和形态学数据的可视化。主要应用于: 组织原位表达图谱构建、空间异质性分析、肿瘤微环境研究、疾病病理进程研究、发育生物学。
分析内容:
空间转录组 |
1. 测序数据统计与 质控 :测序数据基本质控(reads数、测序饱和度等)、数据比对(组织覆盖区域检测、reads基因组比对率等)、基因表达定量 |
2. spot聚类分群及数据可视化:spot聚类分群、分类结果可视化(组织映射图,tSNE图) |
3. 亚群特征基因分析:亚群上调基因筛选、亚群上调基因功能富集分析、亚群特征基因筛选、亚群特征基因分布特征可视化 与 蛋白质互作网络图 |
4. 空间特征基因分析:空间差异基因筛选 与 功能富集分析、空间特征基因筛选 和 可视化、空间特征基因蛋白质互作网络图 |
5. 各类定制化的高级信息分析 |
项目周期:
40个自然日